Gràcies al PGH, hem arribat a conèixer quants gens hi ha, on estan situats i com són; però els científics encara desconeixen quina funció fa cadascun i com interaccionen entre ells.
La segona part del PGH és la fase PPH (Human Protein Project), l'objectiu del qual és conèixer totes les proteïnes que hi ha al nostre organisme. La raó fonamental pel llançament d'aquest projecte és que la majoria de malalties es manifesten en el terreny de les proteïnes. L'objectiu comú és, per tant, identificar les proteïnes humanes per trobar fàrmacs o diagnòstics útils en la cura de determinades malalties.